2285年，在与可汗的战争中粉碎的联邦星舰朝长进步号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感应悲伤。麦科伊大夫呈现了各种很是的活动：如擅自闯入被封闭的斯波克本来的舱房、倒横直竖等，末端他被送进了病院进行精力查抄。斯科提被另分拨到了联邦星舰精进号。星际舰队批示部对新构成的创世星下达了禁入令。柯克被奉告，朝长进步号即将除役。
　　斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并奉告他，斯波克的尸体必须返回瓦肯星，不然他的魂灵就不得安眠。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵畅通领悟，是以带有斯波克魂灵的麦科伊也必须前去瓦肯星。
　　可是，星际舰队回绝让陈腐的朝长进步号离开太空港。从病院出来后听闻动静的麦科伊，筹划招募一艘飞船回到创世星。在与人辩论时他被拘系，但这并没有影响到全部筹划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮助下麦科伊顺利逃脱，并一同登上了被烧毁的朝长进步号。为了避免被追击，斯科提还粉碎了精进号的引擎。六名火伴冒着毁掉落毕生古迹的风险，驾驶朝长进步号航向创世星。
　　其间，克林贡人得知了创世筹划和创世星的动静。因为担忧联邦将其改革为一种新式兵器，克鲁格船长带领一艘克林贡猛禽战舰，去篡夺或摧毁这一计谋性的兵器。
　　在联邦星舰葛瑞森号上，戴维·马库斯博士与莎维可上尉在创世星的轨道长进行着科学不雅测。他们很快便在地面上发现了生命情势，出于好奇心的差遣，他们俩传奉上了星球表面并发现了斯波克空荡的遗棺。循着生命情势的读数，他们发现了年少斯波克的活体：成长速度奇快，但却没专心识或魂灵。
　　克林贡人在此时也抵达了创世星，他们摧毁了葛瑞森号并抓获莎维可、马库斯和少年的斯波克作为人质。不一会，朝长进步号也抵达穆塔拉星区（MutaraSector），很快就被克鲁格与他的一群克林贡兵士报复打击到瘫痪。因为克林贡人威胁将夺去人质的生命，柯克利用了一个计谋来从头掌控场合排场，但并未成功。戴维·马库斯随后被克林贡人殛毙。因为没有其他的选择，柯克只得向克林贡人降服服气。柯克为了从头据有优势，拼命一搏启动了朝长进步号的自毁法度。朝长进步号的船员随后传奉上了创世星，目睹着朝长进步号在一片亮光中毁灭，同时也捎带上了克鲁格大年夜部分的兵士。
　　柯克终究与他的团队从克林贡人手中救援了斯波克与莎维可，并在与克鲁格的一对一战争中杀死了他。因为创世星奇特的力量，斯波克的尸体得以更生，并跟着创世星衰老的速度火速地成长。在离开不安定的创世星时，斯波克刚好达到死亡前的年龄。在登上夺来的猛禽舰时，创世星开端了狠恶的爆炸。
　　在沙瑞克的保护下，猛禽舰抵达了瓦肯星。在经历了危险的“宝塔邦术”典礼后，斯波克的魂灵离开了麦科伊的意识回到了本身的身材中。典礼终究成功，新生的斯波克开端从头回想他的过去与伴侣。他问朝长进步号的船员们，为甚么要冒着掉去生命与毁掉落古迹的危险救援他；柯克奉告他，有些时候必要“殉国小我，成全大年夜我”。